Articole recente
Un nou instrument pentru geneticieni: un catalog genomic pentru peste 3.800 de organisme

Oamenii de știință americani de la Departamentul de Energie, Joint Genome Institute (JGI) și Universitatea din Carolina de Nord au realizat un catalog de genomi bacterieni. Scopul acestei întreprinderi este de a ajuta alți cercetători să identifice și să caracterizeze genele care ajută bacteriile să prospere în mediile botanice, în special pe cele implicate în dezvoltarea nodozităților.
„Dacă dorim să proiectam microbiomul potrivit pentru a susține creșterea plantelor, trebuie să înțelegem funcția reală a microbiomei, și nu doar secvențe de gene marker”, explică un co-autor al studiului, Asaf Levy de la GJI. “Facem un efort masiv pentru a răspunde la o întrebare fundamentală: Cum interacționează microbiomul plantei cu planta însăși?”
Oamenii de știință din mai multe instituții au izolat anterior bacterii noi din mediul rădăcinilor Brassicaceae (191), plopului (135) și porumbului (51). Genomul acestor 377 de izolate bacteriene, în plus față de 107 celule individuale suplimentare de bacterii din rădăcinile Arabidopsis, au fost secvențiate, asamblate și adnotate în JGI.
Ulterior, cercetătorii au combinat noile genomuri cu genomurile disponibile public, care reprezintă principalele tipuri de bacterii legate de plante, precum și de cele din medii non-vegetale. Datele combinate au condus la formarea bazei de date cu 3.887 genomi, dintre care 1.160 de plante.
Catalogul complet al genomilor noi și al genelor asociate plantelor este disponibil pentru comunitatea de cercetare printr-un portal web dedicat: Genomic Features of Bacterial Adaptation to Plants.
Instituțiile care au colaborat la această lucrare au inclus Laboratorul Național Oak Ridge, Universitatea din Washington și Institutul Max Planck. În plus, față de Biroul de Științe al DOE, finanțarea acestei lucrări a fost asigurată de către Programul NSF INSPIRE pentru Jeff Dangl (UNC), Ruth Ley (MPI) și Susannah Tringe (JGI). Fonduri suplimentare au fost furnizate de DOE-USDA Feedstocks Program pentru laboratorul Dangl și Dale Pelletier (ORNL).

Articolul original este disponibil pe jgi.doe.gov/functional-genomics-database-for-plant-microbiome-studies/

Related Post